京都府が民間事業者のカジノ運営を可能にする統合型リゾート（IR）の誘致に立候補する中、とある山中で爆薬による爆発事件が発生破壊された小屋の中から男性の遺体が発見された。現場で捜査をするマリコ（沢口靖子）、土門（内藤剛志）らと合流した京都府庁土木建築部の巽省吾（宅麻伸）によると、現場の土地と小屋の所有者は不明だという。人事交流で京都府警から府庁の用地認定課へ異動していた巽は、現場がIRに繋がる道路になる計画があるため長年にわたって所有者を探していた。マリコらの鑑定作業で爆薬の種類が判明、犯人が使用した車のタイヤ痕も検出された。さらに被害者の身元がIR道路の工事関係者で発破技士の一之瀬廉（岡大介）と判明。車は廉が勤務する建設会社のものとわかった。廉の弟で同じ会社に勤務する発破技士・一之瀬駿（上島竜兵）は、兄は爆破解体予定の小屋の下見に会社の車で行ったのだろうと言うが、現場にも会社にも車はない。犯人が逃亡に使用したのか？そんな中、巽が探し続けてきた土地の所有者が、突然名乗り出てきた。所有者は水野珠美（宮崎美子）という女性で、亡き父親が残した山林ばかりの土地の扱いに困っていたと文句を並べる始末だった…。一方でマリコらは、科学捜査で犯人の車を追跡することに。マリコは現場の山に詳しい巽の同行の許可を藤倉（金田明夫）から得るが、その際、藤倉は土門のためにも必ず犯人を追い詰めろと言う。土門のために？ 疑問を抱くマリコだが、藤倉は土門から直接聞けと言うだけだ。藤倉の発言の真意とは？爆発物処理班の黒部隆次（堀部圭亮）も同行し、マリコらは険しい山道を辿っていくのだが、マリコや土門らに、次第に爆弾魔の影が忍び寄って…!?
